Baptiste Fougeron est en stage de Master 2 depuis mars 2020, financé par l’ANR SpiRAL (porté par l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie). Son travail consiste à réaliser une cartographie du risque de leptospirose en Nouvelle-Calédonie en utilisant des méthodes de traitement de données issues de Systèmes d’Information Géographiques (SIG) et de télédétection.

mots-clé : leptospirose ; cartographie du risque ; apprentissage machine ; analyse spatiale ; télédétection

lieu / horaire / langue : salle PECT4 (SIGMA, 1er étage) / 13h00 (entrée libre) / francais

résumé :  La leptospirose est une zoonose réémergente endémique de Nouvelle-Calédonie dont l’origine est une bactérie du genre Leptospira spp. Visant à comprendre le lien entre l’écologie des leptospires pathogènes et les mécanismes de sa transmission aux humains via l’environnement, ce stage inscrit dans le projet ANR SpiRAL a parmi ses objectif de modéliser la dynamique des leptospires en période de fortes précipitations ainsi que sa distribution spatiale en Nouvelle-Calédonie. Pour ce faire, une base de données spatialisées a été élaborée en regroupant différentes variables environnementales et socio-économiques. Après une synthèse de l’état de l’art de la cartographie du risque de leptospirose, une collecte de données auprès de différents acteurs locaux, européen, mais aussi en consultant des données en « Open Data » a été réalisé. A cela s’ajoute l’apport des images satellites Sentinel-2 à partir desquelles des primitives NDVI et NDWI ont été calculées et incorporées dans l’ensemble des données utilisées. Les données de cas de leptospirose recensés par l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie sur huit années (de 2008 à 2016) ont été géoréférencés le plus précisément possible pour pouvoir lancer les analyses spatiales. Le modèle SDM du package R « SSDM » a été utilisé pour cette étude. Le modèle donne de bonnes prédictions (précision, accuracy…), mais reste toutefois à améliorer en intégrant de nouvelles données. A partir des meilleures prédictions du modèle, les variables qui expliquent le mieux la répartition du risque d’incidence de leptospirose sont extraites.

bio : Récement diplômé d’un Master en Ecologie, parcours « Aménagement du Territoitre et Télédétection » de l’Université Toulouse III Paul Sabatier.

En stage stage depuis mars 2020 au sein de l’ISEA sous direction de Nazha SELMAOUI (ISEA) et de Cyrille GORANT (IPNC).