Le thème A a pour objectifs de maitriser le cycle des éléments majeurs au sein des écosystèmes terrestres et côtiers ; d’identifier les processus biologiques, géochimiques et physiques qui contrôlent le transfert des éléments, et des contaminants minéraux et organique (y compris en zone urbaine), depuis l’échelle colloïdale jusqu’à celle d’un bassin versant ; de caractériser les couplages entre le cycle des contaminants et le cycle de l’eau ; de réaliser des bilans de matière au sein des systèmes étudiés ; d’étudier les transformations de la matière et évaluer la réactivité aux interfaces et enfin d’évaluer l’impact des activités anthropiques (mines, aquaculture, urbanisation, etc.) sur la diversité et le fonctionnement des systèmes étudiés.